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美国新泽西州Rutgers州立大学Lee Kerkhof教授应邀访问金沙国际娱乐
2018-11-02

  10月29日,应高寒生态重点实验室孔维栋研究员邀请,美国新泽西州Rutgers州立大学Marine and Coastal Sciences学院Lee Kerkhof教授到青藏高原研究所进行学术交流并做学术报告。Lee Kerkhof教授从事海洋微生物生态学研究20年以上,重点关注与碳氮吸收过程相关的微生物,Lee Kerkhof教授目前共发表SCI论文和专注章节50余篇,总引用率超过1700次。

  此次Lee Kerkhof教授做了题为“Using the Oxford Nanopore MinION (a portable DNA sequencer) for microbial ecology in Arctic and Tibetan Plateau soils”的报告。他首先介绍了第3代高通量测序技术MinION。与现有测序技术相比,MinION的测序长度更长、测序时间更短、设备与测序成本更低,因此未来有望在扩增子、RNA及基因组测序上超越或替代现有测序技术。同时,由于MinION可以对16S操纵子的全长进行测序,因此可以对微生物进行种甚至是菌株级别的准确分类。之后Lee Kerkhof教授介绍了他近期通过MinION技术获得的一些最新科研进展。通过对比青藏高原高寒草甸土壤样品与芬兰土壤样品的测序结果,他发现青藏高原高寒草甸土壤的微生物多样性更高,不同微生物的分布更为均匀。他介绍了敲除小鼠AC5基因以及改变运动量对小鼠肠道微生物组的影响,发现敲除AC5基因及运动量改变均会导致小鼠肠道微生物组发生重大改变,这可能与AC5基因敲除导致的寿命增加以及运动力的增强相关。最后,他介绍了关于利用稳定同位素标记与MinION测序两种技术相结合精准研究微生物在氨基酸分解过程中的重要作用的相关工作。研究发现,氨基酸分解需要多种微生物共同作用完成,其中变形菌门中的Paraburkholderia是这一过程中的主要微生物类群。然而,Illumina测序结果则不能发现不同类群微生物在氨基酸分解过程中的差异。

  最后,教授Dr. Lee Kerkhof与参会人员深入讨论了MinION技术在青藏高原及南北极地区微生物生态学研究中的应用前景以及可解决的科学问题等,并对孔维栋研究员课题组目前科研上遇到的问题给出指导建议,并指出双方可以互相借鉴的领域以及将来可能的合作方向,共同推进微生物生态学的研究。

报告现场

 
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